E100029464_L01_48样品中检测到了水稻细菌性条斑病菌和瓜类果斑病菌
水稻细菌性条斑病病原菌为稻生黄单胞杆菌稻细条斑致病变种（Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (Fang et al.) Swing et al.），属薄壁菌门、假单胞细菌目、黄单胞杆菌属。
菌体杆状，大小1-2微米×0.3-0.5微米。多单生或个别成双链。有极生鞭毛1根，不形成芽孢和荚膜，革兰氏染色反应阴性。在肉汁胨琼脂培养基上菌落圆形，周边整齐，中部稍隆起，蜜黄色。该菌生长适温28-30℃。生理生化反应：该菌能使明胶液化，使牛乳胨化，使阿拉伯糖产酸，对青霉素、葡萄糖反应不敏感。
表1 不同测序深度水稻细菌性条斑病菌基因组覆盖度
| accession | genome_size(bp) | sequence_depth(X) | base_number | coverage(%) |
|---|---|---|---|---|
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 1 | 635862 | 14.35 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 2 | 509361 | 11.50 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 3 | 429959 | 9.70 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 4 | 371830 | 8.39 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 5 | 321777 | 7.26 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 6 | 280257 | 6.33 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 7 | 246227 | 5.56 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 8 | 215445 | 4.86 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 9 | 189035 | 4.27 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 10 | 165741 | 3.74 |
| NZ_CP007810.1 | 4430829 | 11 | 142708 | 3.22 |
详细内容如下
测序深度1X的情况下，将样品中的reads比对到水稻细菌性条斑病菌基因组上。其覆盖率达到14.35%，因此可以判定此样品中存在水稻细菌性条斑病菌
瓜类果斑病菌（Acidovorax citrulli (Schaad et al.) Schaad et al.）属变形菌门、伯克霍尔德氏菌目、嗜酸菌属。
菌体短杆状，革兰氏染色阴性，不产生荧光，严格好氧，单根极生鞭毛。能在41℃下生长，不能在 4℃ 下生长。在 KB 培养基上呈现乳白色、圆形、光滑、全缘、隆起、不透明菌落，菌落直径 1 ～ 2mm。
表2 不同测序深度瓜类果斑病菌基因组覆盖度
| accession | genome_size(bp) | sequence_depth(X) | base_number | coverage(%) |
|---|---|---|---|---|
| NC_008752.1 | 5352772 | 1 | 3908137 | 73.01 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 2 | 3434170 | 64.16 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 3 | 2860794 | 53.45 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 4 | 2224780 | 41.56 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 5 | 1606091 | 30.00 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 6 | 1077031 | 20.12 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 7 | 666832 | 12.46 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 8 | 389179 | 7.27 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 9 | 216390 | 4.04 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 10 | 114351 | 2.14 |
| NC_008752.1 | 5352772 | 11 | 60628 | 1.13 |
详细内容如下
测序深度1X的情况下，将样品中的reads比对到瓜类果斑病菌基因组上。其覆盖率达到73.01%，因此可以判定此样品中存在瓜类果斑病菌