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assembly_accession

bioproject

biosample

taxid

species_taxid

organism_name

infraspecific_name

assembly_level

genome_rep

asm_name

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GCF_019037665.1

PRJNA224116

SAMN19102955

1473

Virgibacillus pantothenticus

strain=179-E 7A2 HS

Contig

Full

ASM1903766v1

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GCF_000170255.1

PRJNA224116

SAMN02415273

440534

28901

Salmonella enterica subsp. enterica serovar 4,[5],12:i:- str. CVM23701

strain=CVM23701

Contig

Full

ASM17025v1

下载

GCF_021601385.1

PRJNA224116

SAMD00422614

2892329

Pseudomonas parasichuanensis

strain=BML-PP020

Contig

Full

ASM2160138v1

下载

GCF_020858235.1

PRJNA224116

SAMN16392301

562

Escherichia coli

strain=KCJ3K702

Scaffold

Full

ASM2085823v1

下载

GCF_016990255.1

PRJNA224116

SAMN07485776

1491

Clostridium botulinum

strain=Su1089

Contig

Full

ASM1699025v1

下载

GCF_902807045.1

PRJNA224116

SAMEA4681661

444163

Brucella microti

Contig

Full

17-2122-4144

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GCF_022565895.1

PRJNA224116

SAMN23672917

2901231

Nesterenkonia sp. YGD6

strain=YGD6

Scaffold

Full

ASM2256589v1

下载

GCF_021168165.1

PRJNA224116

SAMN23492903

562

Escherichia coli

strain=ECO015

Contig

Full

ASM2116816v1

下载

GCF_002301635.1

PRJNA224116

SAMN05710874

1496

Clostridioides difficile

strain=5573-CF/ST37

Contig

Full

ASM230163v1

下载

GCF_900114905.1

PRJNA224116

SAMN05421805

455193

Saccharopolyspora antimicrobica

strain=CPCC 201259

Scaffold

Full

IMG-taxon 2675903057 annotated assembly

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概括

几种主要细菌

果树溃疡病菌 Pseudomonas syringae pv

果树溃疡病菌是一种常见的植物病原细菌，并且属于检疫性有害生物，可感染多种果树，如苹果、梨、桃等，引起树皮斑点、果实病斑、叶片凋萎等症状，对果树产量和品质造成威胁。该细菌通常通过侵入植物细胞内部，利用其代谢产物导致细胞死亡，从而引起组织坏死和病斑形成。一般初发于嫩枝，后面发展到老叶，果树。严重的话，一棵果树溃疡，整个果园遭殃。

主要危害植物：苹果、梨、柑橘等

细菌传播方式及植物染病特征：

溃疡病病原是一种细菌，病菌在寄主组织内可存活数月，病原细菌潜伏在病斑组织内越冬。第二年春雨期间，细菌从病部溢出菌脓，借风、雨、昆虫和枝叶接触而传播。细菌落到嫩梢、嫩叶和幼果上，由气孔、皮孔或伤口侵入。在高温多雨的情况下，病菌可重复侵染，不断扩大为害。嫩梢长3--12厘米时是病菌侵入的盛期，潜叶蛾为害造成伤口是感染本病的重要途径。

柑桔溃疡病症状：叶片，初期在叶背面出现黄色油渍状小点，以后逐渐扩大成近圆形。病斑穿透叶片两面略突起，组织木栓化，粗糙，中央凹陷破裂呈灰褐色火山口状。病斑周围有黄色晕圈，直径为3--5毫米，有时几个病斑联在一起，形成不规则形的大病斑，病叶提早脱落。枝梢，枝梢上的病斑与病叶上的相似，近圆形、椭圆形或联合成不规则形，浅黄色或黄褐色，显著突起，但周围无黄色晕圈。病斑可深达韧皮部，当病斑环绕全枝叶，枝梢就会枯死。果实，病斑与叶片和枝梢上的相似，表面木栓化突起和中央裂口更为明显，发生严重时，引起落果。

防治方法：

培育无病苗木；冬季清园时，彻底剪除病枝、病叶；发现病叶、病枝、病果要清除，集中烧毁；并进行全园消毒杀菌，彻底根治果树溃疡病。加强栽培管理，增强树势，提高树体抗病能力；春、夏、秋梢抽生期，叶片未展开至新梢期间要加强潜叶蛾的防治。

电子显微镜下的果树溃疡病菌柑橘感染细菌症状

相关研究：

Al Azzawi, T. N., Khan, M., Mun, B. G., Lee, S. U., Imran, M., Hussain, A., Rolly, N. K., Lee, D. S., Ali, S., Lee, I. J., & Yun, B. W. (2023). Enhanced Resistance of atnigr1 against Pseudomonas syringae pv. tomato Suggests Negative Regulation of Plant Basal Defense and Systemic Acquired Resistance by AtNIGR1 Encoding NAD(P)-Binding Rossmann-Fold in Arabidopsis thaliana. Antioxidants (Basel, Switzerland), 12(5), 989. https://doi.org/10.3390/antiox12050989

Zhang, M., Wang, L., Tang, W., Xing, Y., Liu, P., & Dang, X. (2023). Antibacterial mechanism of the novel antimicrobial peptide Jelleine-Ic and its efficacy in controlling Pseudomonas syringae pv. actinidiae in kiwifruit. Pest management science, 10.1002/ps.7548. Advance online publication. https://doi.org/10.1002/ps.7548

柑橘黄龙病菌 Candidatus Liberibacter asiaticus

柑橘黄龙病是一类由韧皮部寄生的革兰氏阴性菌韧皮部杆菌Candidatus Liberibacter asiaticus（CLas）引起的柑橘类植物病害。柑橘黄龙病严重影响柑橘类水果的品质和产量，且较难以防治，每年在全球范围内造成数十亿美元的经济损失。但是CLas病原至今无法在人工培养基上培养，限制了相关研究开展，柑橘黄龙病的发病机制研究进展缓慢。

主要危害植物：柑橘属植物，如柑、橘、橙、柠檬、柚类等

细菌传播方式及植物染病特征：

该病通过苗木、接穗和木虱传播。发生与气候条件、栽培管理及品种有关。5月下旬开始发病，8－9月最严重。春、夏季多雨，秋季干旱时发病重；施肥不足，低洼果园排水不良，树冠郁闭，发病重。

柑橘类植物感染黄龙病菌后并不立即显症，存在潜伏期。潜伏期的长短因品种、树龄、健康状况、种植环境等而异但相比其他病原体，黄龙病菌的潜伏期较长。果实的典型症状是着色异常、果小、畸形。染病沙糖橘等宽皮柑橘的果实常表现为果蒂和果肩周围先褪绿转色，其它部位仍然为青绿色，且因蜡质形成受阻而无光泽。果农称之为“红鼻子果”或“红肩果”。染病甜橙树的果实常表现为青果，病果的果汁味酸、淡，果实中心柱不正。叶片的典型症状是黄化、变小。据病程长短，叶片黄化有两种主要类型，一种是斑驳型黄化，一种是均匀黄化。染病早期，叶片常显现为斑驳型黄化，待病菌散播到全树后，新梢抽生的叶片一般为均匀黄化。病根表皮易脱离、腐烂等，黄龙病菌优先定殖在根中且分布较为均匀，这也是为什么仅仅砍除病枝并不能有效控制黄龙病的原因所在。

防治方法：

堵源头，种植无病苗：首先要管理好苗木，尽可能杜绝选购携带病虫的苗木，对苗木的进出严格把关，从源头上截断病菌源。

杀虫媒：柑橘木虱会在苗木的嫩梢期、低温期集中，也就是在早春清园期和春梢、夏梢、秋梢及晚秋梢嫩梢期、冬季6个关键时期对连片果园喷洒农药，可以有效杀灭传播柑橘黄龙病病菌的罪魁祸首柑橘木虱。同时，做好田间柑橘木虱测报工作，在成虫前若虫期扑杀。

重规划，选择隔离条件好的新区种植：规划要科学，合理控制果园种植面积。在退耕还林的基础上建设生态隔离带，以起到阻碍木虱传播的作用。此外，为了增加抗病性强的品种，可以对单一品种的种植比例进行调整，使抗病性能强的种植体系具有品种多样、密度合理的优点。

重技术，转观念：当前依然有很多果农没有意识到对田地大量施用农药、化肥会使土壤酸化，土质中的养分失去平衡，因此要转变果农对柑橘黄龙病的防治观念。另外，种植面积没有得到合理控制，病情发生后，为避免经济损失而不愿意砍除病树，加剧了病害的传播。对此应做到一经发现立即喷杀木虱，之后彻底挖除柑橘黄龙病树；用药控梢或杀梢，结合人工抹梢。利用药物控梢，在枝梢充分老熟后统一放梢、用药杀梢，可把新梢和早抽出的统一杀除，而人工很难把刚出的新梢芽抹除。此外，农业部门派遣专家对果农进行柑橘黄龙病和柑橘木虱相关知识的培训，组织果农利用早期物理技术、生物防治技术等控制木虱的繁殖和传播。

在筛管中观察到的黄龙病原拟杆菌体柑橘感染细菌症状

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