水稻种子检疫性有害微生物检测结果

单位：中国热带农业科学院三亚研究院

日期: 2023年 10 月 11 日

执行人：纪长绵

团队：南繁生物安全团队

项目名称：海南省重大科技计划项目-南繁育种区生物安全防控(ZDKJ202002)

项目编号: ZDKJ202002

电子邮件: jichangmian@itbb.org.cn

致谢:本报告受“海南省重大科技计划项目“南繁育种区生物安全防控(ZDKJ202002)”资助

  1. 一共完成6个样品的测序，平均每个样品的测序量是50G。
  2. 其中有6个样品检测到了有害微生物分别是：
    1. E100027648_L01_72
    2. E100027648_L01_99
    3. E100027648_L01_97
    4. E100027648_L01_98
    5. E100029464_L01_48
    6. E100029464_L01_47
  3. 检测到的有害微生物的种类：水稻细菌性条斑病菌、瓜类果斑病菌。
  4. 测序获得数据将会与有害微生物参考基因组进行比对以计算基因组覆盖度等信息。
  5. 判断一个样品中是否存在某种有害微生物的的标准：计算得到的有害微生物基因组覆盖度超过10%，就认为该微生物存在于样品中。

表1 基本信息如下

样品编号 宿主种类 测序量(G) 测序深度(X)
E100027648_L01_72 水稻 60 74
E100027648_L01_99 水稻 52 64
E100027648_L01_97 水稻 68 85
E100027648_L01_98 水稻 50 63
E100029464_L01_48 水稻 34 42
E100029464_L01_47 水稻 38 47

采用二代测序技术对6份水稻种子样品水稻全基因组及种子中携带的有害微生物进行测序。测序后对原始下机数据质控后，比对到水稻Nipponbare（IRGSP-1.0）参考基因组及有害微生物参考基因组序列。统计结果见下表

表2 6个水稻种子样品测序和比对统计结果

sample ID clean reads mapping reads mapping ratio(%) average insertsize(bp)
E100027648_L01_72 186019824 163407575 87.84 321.2
E100027648_L01_99 161569632 117453703 72.7 316.3
E100027648_L01_97 213687828 167009764 78.16 312.2
E100027648_L01_98 157668482 114815578 72.82 321.2
E100029464_L01_48 106182440 93547498 88.1 344
E100029464_L01_47 117470994 99840027 84.99 321.6

详细内容如下

  1. samole id: 6个水稻样品的编号
  2. clean reads: 统计Clean Reads数据文件，每四行为一个单位，双端分别统计，即read1和read2记为2条reads
  3. mapping reads: 定位到宿主及有害微生物参考基因组的Clean Reads数
  4. mapping ratio(%): mapping reads数占所有Clean Reads数的百分比
  5. average insertsize(bp): 样品平均插入片段的的大小